#NEXUS [Analysis of 30 Cryptosporidium (Protozoa; Apicomplexa) genotypes using Actin sequences. David A. Morrison (2006) Advances in Parasitology 63.] BEGIN TAXA; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS [Cryptosporidium genotype names follow Xiao et al. (2002) International Journal for Parasitology 32: 1773-1785.] Toxoplasma_gondii [U10429] Babesia_bovis [AF410769] Plasmodium_falciparum_actin_I [M19146,M22719] Plasmodium_falciparum_actin_II [M18817,M22718] Cryptosporidium_parvum_human [AF382337] Cryptosporidium_parvum_bovine [AF382338] Cryptosporidium_bear [AF382339] Cryptosporidium_canis_dog [AF382340] Cryptosporidium_ferret [AF382341] Cryptosporidium_parvum_monkey [AF382342] Cryptosporidium_parvum_mouse [AF382343] Cryptosporidium_pig [AF382344] Cryptosporidium_marsupial [AF382345] Cryptosporidium_baileyi [AF382346] Cryptosporidium_felis [AF382347] Cryptosporidium_wrairi [AF382348] Cryptosporidium_saurophilum [AF382349] Cryptosporidium_muris [AF382350] Cryptosporidium_meleagridis [AF382351] Cryptosporidium_andersoni [AF382352] Cryptosporidium_serpentis [AF382353] Cryptosporidium_opossum_II [AY120921] Cryptosporidium_opossum_I [AY120922] Cryptosporidium_skunk [AY120923] Cryptosporidium_parvum_rabbit [AY120924] Cryptosporidium_deermouse [AY120925] Cryptosporidium_canis_fox [AY120926] Cryptosporidium_canis_coyote [AY120927] Cryptosporidium_deer [AY120928] Cryptosporidium_goose [AY120929] Cryptosporidium_snake [AY120930] Cryptosporidium_tortoise [AY120931] Cryptosporidium_lizard [AY120932] ; END; BEGIN CHARACTERS; DIMENSIONS NCHAR=1006; FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=- ; MATRIX Toxoplasma_gondii ACGTGAAGGCTGGCGTGGCCGGCGATGATGCGCCACGTGCCGTCTTCCCGTCTATCGTCGGAAAGCCCAAGAACCCGGGTATCATGGTCGGAATGGAGGAGAAGGACTGCTACGTCGGTGACGAAGCCCAAAGCAAGAGAGGTATTTTGACTCTGAAATACCCTATTGAGCACGGTATCGTCACCAACTGGGACGACATGGAGAAAATCTGGCATCACACCTTCTACAACGAACTGCGTGTGGCGCCTGAGGAGCACCCTGTGCTGCTCACGGAAGCCCCACTCAACCCCAAGGCGAACCGTGAGAGAATGACCCAGATTATGTTCGAAACCTTTAACGTCCCTGCCATGTATGTCGCTATCCAGGCCGTTCTTTCTCTGTACTCCTCCGGTCGTACCACCGGTATTGTGCTCGACAGTGGTGATGGCGTCTCTCACACTGTGCCCATCTACGAGGGGTACGCCCTGCCTCACGCCATCATGCGTTTGGATCTTGCTGGACGCGACCTTACCGAGTACATGATGAAGATTCTCCACGAGAGAGGATACGGCTTCACCACCTCCGCCGAGAAGGAAATCGTGCGCGACATCAAGGAGAAGCTTTGCTACATCGCCCTCGACTTCGACGAGGAAATGAAGACGCTTGGCCTAGTTTCGC-TGACTGAAAATAG-CATTTGGATCACTAACTAGCCATCTTTTTCCTGTCACAA-TGCGCGACGATCTTGGCGGCGACTTTTGTTCTTTTTAAATGCATATCGAAAAAGCGCTCGCCGTGCCCATGCCGCTACGTCGATCCCGCCTCAGCTAGATCATTAGAAATGTGTGTACAAATTCCATTGGAATAGTGGCAAATCAGGTTTTGCAGTAAGACATCCCTGTGGTGGAATCTTTTGTCAAGCACTGCTGTTTGGTGTGTAGAGAGCGGCGGTGTGGAGCTGTTACGTCGCGATCCCGAGCTGGTCAGTTCCTCATAGATTTGTGTGTGTGAACTTTCGTTCCCTCTC [1003] Babesia_bovis ATGTCAAGGCTGGTGTCGCTGGTGTTGACGCTCCCCGTTGTGTGTTCCCCAGCATTGTAGGTCGTCCAAAGAACCCTGCCCTTATGGTTGGCATGGATGAAAAGGACACCTACGTTGGAGATGAAGCCCAGGCTAAGCGTGGTATCTTGACCCTCAAGTACCCTATTGAGCACGGTATCGTCACCAACTGGGAAGACATGGAAAAGATATGGCATCACACCTTCTACAATGAACTCCGTATTGCTCCTGAGGAACACCCCGTGCTCCTTACTGAGGCTCCCATGAACCCTAAGGCCAACCGTGAGAAGATGACCACCATTATGTTCGAGACCCACAACGTCCCAGCTATGTACGTCGCTATCCAGGCTGTGCTTTCCCTGTACTCATCTGGTCGTACCACTGGTATTGTGCTCGACTCTGGTGATGGTGTTACTCACACCGTGCCCATCTATGAGGGTTATGCCCTTCCTCACGCCATTATGCGTATTGACCTTGCTGGTCGTGACTTAACTGAGTTCATGCAAAAAATATTGGCCGAACGTGGCTTTACATTTACTACTACTGCCGAAAAGGAAATTGTGCGTGACATTAAGGAAAAGCTTTGTTACATTGCACTTGACTTCGAAGAGGAAATGAACTCTTCTGCATCATCT--AG-TGAAATCGAGAAATCTTACGAATTGCCTGATGG-AACATCATTACCGTTGGAAACGAGCGTTTCAGGTGCCCTGAGGTCTCTTTCCAGCCTAGCTTCATCGGTCAGGAATCTGCCGGTATCCACACCACTACCAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- [789] Plasmodium_falciparum_actin_I ATGTAAAAGCAGGAGTTGCAGGAGATGATGCACCTCGTTCCGTTTTTCCAAGTATAGTAGGAAGACCAAAGAATCCAGGAATTATGGTTGGTATGGAAGAGAAAGATGCATTTGTTGGTGATGAAGCACAAACCAAGAGAGGTATATTAACATTAAAGTATCCAATAGAACATGGTATTGTTACGAATTGGGATGATATGGAAAAAATATGGCATCACACTTTTTATAATGAATTAAGAGCTGCTCCAGAAGAACACCCAGTGTTATTAACAGAAGCTCCTTTAAATCCAAAAGGAAATCGTGAGAGGATGACACAAATTATGTTTGAATCTTTTAATGTACCAGCTATGTATGTTGCTATTCAAGCTGTTTTATCCTTATATTCTTCTGGTCGTACCACTGGTATTGTGTTAGATAGTGGAGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTATGAAGGTTATGCTTTACCACATGCAATTATGAGATTAGATTTAGCTGGTAGAGATTTAACTGAATATTTAATGAAAATTCTTCATGAAAGAGGTTATGGATTTTCAACATCAGCAGAAAAAGAAATTGTTAGAGATATTAAAGAGAAATTATGTTATATTGCATTAAATTTTGATGAAGAAATGAAAACATCTGAACAAAG--CAG-TGATATTGAAAAATCATATGAATTACCAGATGGAAATATTATTACTGTAGGTAATGAAAGATTTAGATGTCCAGAAGCTTTATTCCAACCATCCTTCTTAGGAAAAGAAGCAGCAGGAATCCACACAACTACTTTCAACTCTATTAAAAAATGTGATGTGGATATTCGTAAAGATCTTTATGGAAATATCGTTTTATCTGGAGGTACTACTATGTATGAAGGTACAGGAGAAAGATTAACTAGAGATATTACAACCCTTGCACCATCAACCATGAAAATTAAAGTTGTTGCACCACCAGAGAGAAAATACTCAGTCTGGATAGGAGGTTCTATCTTATCATCTCTCTC [1003] Plasmodium_falciparum_actin_II TGGTGAAGTCTGGTTTGGCTGGAGATGACGCTCCAAAATGTGTCTTCCCATCTATTGTAGGAAGACCTAAGATGCCCAATATTATGATAGGCATGGAACAAAAAGAATGCTATGTAGGTGATGAAGCTCAAAATAAAAGAGGTATTTTAACTTTAAAATATCCAATAGAACATGGTATTGTTACAAATTGGGATGATATGGAAAAAATATGGCATCATACGTTCTATAATGAATTGAGAGTTTCACCTGAAGAACATCCAGTCTTATTAACAGAAGCTCCATTAAATCCTAAAACAAATAGAGAAAAAATGACTCAAATTATGTTTGAGACATTTGATGTTCCAGCCATGTATGTCAGTATACAAGCCATCTTATCCCTATATGCATCAGGAAGAACAACAGGTATCGTTCTTGATAGTGGAGATGGAGTGAGCCACACCGTTCCCATATACGAAGGCTATGTATTACCCCATGCCATAAACAGAATTGACATGGCTGGAAGGGATTTGACCTATCACATGATGAAATGGTTTACAGAGAGGGGTCATACATTTACCACAACAGCTGAAAGGGAGATAGTTAGGGATATAAAAGAAAAACTATGTTACATAGCCATGGATTATGATGAAGAACTAAAACGTTCTGAAGAACATTCAGATGAAATAGAAGAAATATATGAATTACCTGATGGAAATTTAATAACTGTAGGAAGTGAAAGATTTCGATGTCCTGAGGCCTTATTTAATCCCACATTAATAGGTAGGGAATGTCCGGGTTTACACATAACAGCGTATCAAAGTATAATGAAATGTGATATTGATATAAGAAAAGAATTATATAATAATATTGTTTTAAGTGGTGGTACTACAATGTATAATAATATAGGAGAAAGGYTAACCAAAGAAATGACAAACTTAGCACCCTCTTCAATGAAAATTAAGGTCATTGCTCCACCTGAAAGAAAATATTCCGTATGGATAGGAGGATCAATCTTATCATCTCTTTC [1006] Cryptosporidium_parvum_human TGGTCAAGGCAGGTGTTGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCGAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACCTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCAGTGTTATTGACCGAAGCACCAATGAACCCAAAGGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATCTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCCGAGAGAGAAATTGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGCTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGCCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAAGACCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACGATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCTATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_parvum_bovine TGGTCAAGGCAGGTGTTGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCTGAGGAACACCCAGTATTATTGACTGAAGCACCAATGAACCCAAAGGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATAATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTATTCCACATGCTATTATGAGATTAGATCTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGCTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGCCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGTCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTTTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCTATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAAGACCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_bear TGGTTAAGGCTGGTGTGGCTGGAGATGACGCCCCAAGATGTGTCTTCCCATCAATTGTTGGTCGCCCAAAGATGCCAGGAGTTATGGTAGGTATGGACCAGAAGGACTGTTATGTTGGCGACGAGGCTCAATCTAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATATCCGATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCTGAGGAACATCCAGTATTGTTAACTGAGGCTCCGATGAATCCAAAAGTGAACCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAGACTTTCAATGTTCCAGCTATGTACGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCATTGTATGCTTCTGGTCGTACCACAGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTTTCACATACTGTTCCAATTTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTAGATTTAGCAGGACGTGATTTGACAGACTTTTTGATGAAGATTCTCCATGATCGTGGCTATAGCTTCACAACTACTGCTGAGAGAGAAATAGTTAGAGACATTAAGGAGAAGCTGTGTTACATTGCTCTTGATTACGAAGAAGAGATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---CGAATTAGAAAAGACCTATGAATTGCCTGACGGTCATGTGATTACCGTGGGTAGCGAAAGATTCAGATGCCCAGAGGCCTTATTCCAGCCAAATCTTTTGGGTAAGGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACTACTTTCCAATCCATTATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCAAACATCGTATTGTCTGGTGGTACGACAATGTATCCAGGTATTGGTGAGAGAATGACAAAGGAGCTTACTTCATTGGCTCCATCAACTATGAAGATCAAGGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCTATTTTGTCTTCACTATC [1003] Cryptosporidium_canis_dog TGGTTAAGGCTGGTGTAGCTGGTGATGACGCTCCAAGATGCGTTTTCCCATCAATCGTTGGTCGCCCAAAGATGCCAGGAGTTATGGTTGGTATGGACCAGAAGGACTGCTATGTCGGTGATGAGGCTCAGTCCAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATCGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCACACCTTCTATAATGAGTTGCGTGTTGCCCCAGAGGAGCACCCAGTATTGTTGACAGAGGCTCCAATGAACCCAAAAGTTAACCGTGAGAGAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACGTGCCAGCCATGTATGTTAACATCCAGGCAGTCTTATCTCTGTACGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTGGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTATGAGGGTTATGCTCTTCCACATGCCATCATGAGATTGGACTTGGCAGGACGTGACTTGACAGACTTTTTGATGAAGATTCTCCATGACCGTGGCTACAGCTTCACAACAACCGCTGAGAGAGAGATCGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTGTGCTACATCGCTCTTGATTACGAGGAGGAGATGAAGAAGTCTCAGGAGTCTTC---AGAATTAGAAAAGACCTACGAGTTGCCAGACGGTCATGTGATTACTGTTGGTAGCGAGAGATTCAGATGCCCAGAGGCTTTGTTCCAGCCAAATCTCTTGGGTAAGGAGGCCGTTGGTATTGGTGAGACTACTTTCCAATCCATTATGAAGTGCGATCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCCAACATCGTATTGTCTGGTGGTACAACTATGTACCCAGGTATTGGTGAGAGAATGACAAAGGAACTCACTTCTTTGGCTCCATCTACCATGAAGATCAAGGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCTATCTTGTCTTCCCTATC [1003] Cryptosporidium_ferret TGGTCAAGGCAGGTGTAGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAAGAACACCCAGTATTATTGACTGAGGCACCAATGAACCCAAAAGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCTTCCGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGTTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAGCTACCAGATGGTCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTGTTCCAACCGGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAGGACCTTTATGCCAATATTGTTCTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGCTCCATCTTGTCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_parvum_monkey TGGTCAAGGCAGGTGTTGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCGAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCAGTGTTATTGACCGAAGCACCAATGAACCCAAAGGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGGAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATCTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCCGAGAGAGAAATTGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGCTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGCCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAAGACCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACGATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCTATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_parvum_mouse TGGTTAAGGCAGGTGTTGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTCGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCAGTATTATTGACTGAAGCACCAATGAACCCAAAGGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATCTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGCTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGTCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGCAAAGACCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAGGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_pig TGGTTAAAGCTGGTGTAGCTGGAGATGATGCTCCAAGATGTGTTTTTCCATCTATTGTCCACAGAACAAAAATGCCGGGTGTCATGGTAGGTATGGATCAAAAGGATTGTTATGTTGGTGACGAAGCTCAATCAAAAAGAGGTATTTTGACCTTGAAATACCCGATTGAACACGGTATTGTTACAAATTGGGAAGATATGGAAAAAATCTGGCACCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACATCCAGTATTATTGACAGAAGCTCCAATGAACCCAAAAGTTAATCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACATTTAACGTACCTGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCGTTGTATGCTTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCGCACACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTATTCCACATGCCATTATGAGATTAGATTTGGCAGGACGTGATTTGACTGACTTCTTAATGAAGATTCTTCATGACCGCGGTTATAGCTTCACTACAACAGCTGAGAGAGAAATAGTAAGAGATATTAAAGAGAAGCTCTGTTACATTGCTCTTGATTATGAGGAAGAGATGAAGAAGTCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAAAAAACTTATGAATTACCCGATGGCCATGTAATCACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCAGAAGCTCTGTTTCAACCTGGTCTCTTGGGTAAAGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACAACATTCCAATCTATCATGAAATGCGATCTCGATATCCGTAAGGATCTTTATGCTAACATTGTTTTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCGGGTATTGGAGAGAGGATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACCATGAAGATTAAAGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAGTACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCT------------- [990] Cryptosporidium_marsupial TGGTCAAGGCAGGTGTAGCAGGGGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCAATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTCTAAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAAAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACATCCAGTATTATTAACTGAAGCACCAATGAACCCAAAAGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATAATGTTTGAGACATTTAATGTACCTGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGACGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTAGCTGGTCGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAAATTCTCCATGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACTGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGTTACATTGCTTTGGATTATGAAGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACTTATGAGCTACCAGATGGTCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAGCCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACAACATTCCAATCCATTATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCTAATATTGTTTTATCTGGTGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAGAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATTAAGGTTGTCGCTCCACCTGAACGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCCTTATC [1003] Cryptosporidium_baileyi TGGTTAAAGCAGGTGTTGCAGGTGATGATGCTCCACGCTGTGTTTTTCCATCGATAGTTGGTCGTCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTTGGTATGGACCAAAAGGATTGTTATGTTGGTGACGAAGCTCAATCAAAAAGAGGTATTTTGACATTAAAGTATCCAATTGAGCACGGTATTGTTACAAATTGGGAAGATATGGAAAAGATATGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAGCATCCTGTATTATTAACAGAGGCCCCAATGAATCCAAAGGTAAACCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACATTCAATGTGCCTGCTATGTATGTAAATATTCAGGCAGTTCTATCACTTTATGCTTCTGGTCGTACCACTGGTATAGTTTTGGATAGTGGAGATGGTGTTTCTCACACTGTCCCAATTTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTGGCTGGTCGTGACTTGACGGACTTCTTAATGAAGATTCTTCACGATCGTGGTTATAGTTTCACAACTACTGCAGAAAGAGAAATTGTACGTGATATTAAAGAGAAATTGTGTTACATTGCATTAGATTTTGAAGAAGAAATGAAGAAATCACAGGAATCATC---TGAACTTGAAAAGACATATGAATTGCCTGATGGCCATGTTATTACTGTTGGAAGCGAAAGATTTAGATGTCCAGAAGCTTTGTTCCAACCAGGCTTGTTGGGTAAAGAAGCTGTTGGTATAGGTGAAACTACCTTCCAATCTATTATGAAGTGTGATCTTGATATTCGCAAGGACTTGTATGCCAATATCGTTTTATCAGGTGGCACAACTATGTACCCAGGAATTGGTGAAAGAATGACTAGAGAGCTTACAGGATTAGCTCCATCTACAATGAAGATTAAAGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAATATTCCGTATGGATTGGTGGTTCAATTTTATCATCATTATC [1003] Cryptosporidium_felis TGGTGAAGGCAGGAGTTGCAGGAGATGACGCTCCAAGGTGTGTTTTCCCATCTATTGTCCACCGAACGAAGATGCCCGGAGTTATGGTGGGTATGGACCAGAAGGACTGCTATGTTGGTGACGAGGCTCAATCGAAGAGAGGTATTTTGACATTGAAGTATCCTATTGAGCACGGAATTGTGACTAATTGGGAAGACATGGAGAAAATCTGGCATCATACTTTCTACAATGAACTTCGTGTTGCTCCGGAAGAACATCCAGTTCTACTTACTGAAGCTCCAATGAACCCAAAGGTTAACCGTGAGAGAATGACCCAGATTATGTTTGAGACCTTCAATGTTCCGGCCATGTATGTTAACATTCAGGCAGTTTTGTCTCTGTATGCTTCGGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTGGATAGCGGAGATGGCGTTTCTCACACTGTTCCTATCTACGAAGGGTATGCAATTCCTCACGCTATTATGAGGTTAGATTTAGCTGGCCGTGACCTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACAGAGGATACAGTTTCACCACTACTGCTGAGAGAGAAATCGTTAGAGACATCAAGGAAAAGCTTTGCTACATAGCCTTGGATTACGAGGAAGAGATTAAAAAGTCTCAGGAGTCTTC---CGAACTTGAAAAGACCTATGAGCTCCCTGATGGCCATGTAATTACTGTTGGAAGTGAGAGATTCAGATGCCCAGAGGCTCTGTTCCAACCAGGTTTGTTGGGTAAGGAGGCAGTTGGAATCGGTGAAACTACCTACCAATCGATAATGAAATGCGACCTTGATATCCGTAAGGATCTCTATGCCAACATCGTATTGTCTGGTGGTACAACTATGTATCCAGGTATTGGTGAGAGAATGACTAAAGAGCTTACGTCCCTGGCACCGTCTACTATGAAGATCAAGGTCGTTGCTCCTCCAGAACGTAAATATTCCGTTTGGATTGGCGGTTCCATCCTGTCTTCCCTCTC [1003] Cryptosporidium_wrairi TGGTCAAGGCAGGTGTAGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAAGAACACCCAGTATTATTGACTGAAGCACCAATGAACCCAAAAGTGAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCGTTGTATGCTTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACACGCTATTATGAGATTGGATTTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTAATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGTTACATTGCTTTAGATTACGAAGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAGCTACCAGATGGTCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTCTTTTGGGTAAAGAAGCTGTTGGCATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATTATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAAGACCTTTATGCCAACATTGTTTTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_saurophilum TGGTTAAGGCTGGTGTTGCAGGAGATGACGCTCCAAGATGCGTTTTCCCATCAATCGTTGGCCGTCCAAAGATGCCAGGGGTTATGGTGGGTATGGATCAAAAGGATTGTTATGTTGGTGACGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTAACATTGAAGTATCCAATTGAACATGGTATTGTAACTAATTGGGAAGATATGGAGAAGATTTGGCATCACACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACATCCAGTATTATTGACAGAAGCTCCAATGAACCCAAAGGTTAATCGTGAAAGAATGACTCAGATTATGTTTGAAACATTTAATGTTCCTGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTTTTATCACTTTATGCCTCGGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTTTCACATACAGTACCAATTTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTGGCTGGACGTGATTTGACTGACTTTTTGATGAAGATTCTCCACGATCGTGGTTATAGCTTCACAACTACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATCAAGGAAAAGCTTTGCTACATTGCTCTTGATTATGAAGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAGCTTGAAAAGACATATGAATTACCAGACGGTCATGTAATCACAGTGGGAAGTGAGAGATTCAGATGCCCTGAAGCATTGTTCCAACCAAATTTATTGGGTAAGGAAGCTGTTGGAATCGGTGAAACTACCTTCCAATCCATTATGAAATGTGATCTTGATATTCGTAAGGATCTCTATGCTAACATTGTTTTATCTGGTGGTACTACTATGTATCCAGGTATCGGTGAAAGAATGACAAAGGAGCTCACATCATTAGCTCCATCTACAATGAAAATCAAGGTTGTTGCTCCTCCTGAACGTAAATATTCAGTCTGGATTGGTGGTTCTATTTTGTCTTCCCTTTC [1003] Cryptosporidium_muris TGGTCAAGGCAGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCTCGCTGTGTTTTCCCATCAATTGTAGGGAGACCAAGGATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGATCAGAAAAATTGTTATGTTGGTGATGAAGCACAATCCAAGAGAGGTATTTTAACTTTAAAATATCCAATTGAACATGGTATTGTTACAAATTGGGAAGATATGGAAAAAATATGGCACCATACATTTTACAATGAATTACGTGTAGCCCCTGAAGAACATCCAGTTTTATTAACAGAAGCTCCAATGAATCCAAAAGCAAATCGTGAGAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACTTTCAATGTACCCGCAATGTATGTAAATATACAAGCTGTTCTGTCCTTGTATGCATCTGGACGTACTACTGGAATTGTACTTGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACAGTTCCTATTTATGAGGGTTATGCCCTTCCTCATGCTATCATGAGATTAGATCTAGCTGGTCGTGATTTAACTGATTATCTAATGAAGATTCTACATGATCGTGGTTATAGCTTTACTACAACTGCTGAAAGAGAAATTGTTAGAGATATTAAGGAAAAGTTATGTTACATTGCTTTAGATTATGAAGATGAATTAAAAAAGGCTCAGGAATCTTC---TGAAATTGAGAAAACATATGAATTGCCAGATGGTAATGTTATTACTGTGGGTAGCGAGAGATTTAGATGTCCAGAAGCACTTTTCCAACCAAATCTATTAGGTAAGGAGGCTTCTGGTGTTGGTGAAACTACTTTCCAATCTATTATGAAGTGTGATCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCAAATGTTGTCCTTTCTGGTGGTACTACAATGTATCCTGGACTTGGTGAGAGAATGACTAAAGAACTTACTTGCTTAGCTCCTTCTACTATGAAGATTAAAGTTGTTGCCCCTCCTGAGAGAAAGTATTCAGTATGGATTGGAGGATCCATATTGTCATCTTTATC [1003] Cryptosporidium_meleagridis TGGTCAAGGCAGGTGTAGCAGGTGATGACGCTCCAAGATGCGTTTTCCCATCGATTGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCTGTATTATTGACTGAGGCACCAATGAACCCAAAAGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTTTTATCATTGTATGCTTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAGGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCATGACCGTGGTTACAGCTTCACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTTTGTTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGCCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTTAGATGCCCTGAAGCTTTATTCCAACCGGGTCTCTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGTGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAACGTAAGTACTCTGTATGGATTGGTGGATCCATTTTGTCTTCTCTATC [1003] Cryptosporidium_andersoni TGGTCAAGGCAGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCTCGCTGTGTTTTCCCATCAATTGTACGAAGACCAAGGATGCCAGGTATTATGGTAGGTATGGATCAGAAAAATTGTTATGTTGGTGATGAGGCACAGTCCAAAAGAGGTATTCTAACTTTAAAGTATCCAATTGAACATGGTATTGTTACAAATTGGGAAGATATGGAGAAGATATGGCACCATACATTTTACAATGAATTGCGTGTAGCCCCTGAAGAACATCCAGTTTTATTAACAGAAGCTCCAATGAATCCAAAAGCAAACCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACTTTCAATGTACCCGCAATGTATGTAAATATACAAGCTGTTCTGTCTTTGTATGCATCTGGACGTACTACTGGAATTGTACTTGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACAGTTCCTATTTATGAGGGTTATGCTCTTCCTCATGCCATTATGAGATTAGATCTAGCTGGTCGTGATCTAACTGACTATCTAATGAAAATTCTACATGATCGTGGTTACAGCTTTACTACAACTGCTGAAAGAGAAATAGTTAGAGATATTAAGGAAAAGTTATGTTACATTGCTTTAGAGTATGAAGATGAATTAAAGAAGGCCCAGGAATCTTC---TGAAATTGAGAAAACATATGAATTACCAGATGGTAATGTTATTACTGTAGGTAGCGAGAGATTTAGATGTCCAGAAGCACTTTTCCAACCAAATCTATTAGGTAAGGAAGCTGCTGGTGTTGGTGAAACTACTTTCCAATCTATTATGAAATGTGATCTTGACATCCGTAAGGATTTGTATGCAAATGTTGTCCTTTCTGGTGGTACTACAATGTATCCTGGACTTGGTGAGAGAATGACTAAAGAACTTACTTGCTTAGCTCCTTCTACTATGAAGATTAAAGTTGTTGCCCCTCCTGAGAGAAAATATTCAGTATGGATTGGAGGATCCATATTATCATCTTTATG [1003] Cryptosporidium_serpentis TGGTGAAAGCAGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCTCGTTGTGTTTTCCCATCAATTGTAGGGAGACCAAGAATGCCGGGTGTAATGGTGGGTATGGATCAGAAAAATTGTTATGTTGGTGATGAAGCACAGTCCAAAAGAGGTATTTTGACTTTAAAGTATCCAATTGAACATGGTATTGTTACAAATTGGGAAGATATGGAGAAAATATGGCATCATACATTCTACAATGAATTACGTGTAGCTCCTGAAGAACATCCAGTTTTATTAACAGAAGCTCCAATGAATCCAAAAGCAAACCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACTTTCAATGTACCTGCAATGTATGTAAATATACAAGCTGTTCTATCCTTGTATGCATCTGGACGTACTACTGGGATTGTGCTTGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACAGTTCCTATTTATGAGGGTTATGCTCTTCCTCATGCTATTATGAGATTAGATCTAGCTGGTCGTGATTTAACTGATTATTTGATGAAAATTTTGCATGATCGTGGTTACAGCTTTACAACAACTGCAGAAAGAGAAATAGTCAGAGATATTAAGGAAAAGTTATGTTACATTGCTTTAGAGTATGAAGATGAATTAAAAAAGGCCCAGGAATCTTC---TGAAGTTGAGAAAACATATGAATTACCAGATGGTAATGTTATTACTGTAGGAAGCGAGAGATTTAGATGTCCAGAAGCACTTTTCCAACCAAATCTATTAGGTAAAGAAGCTTCTGGTGTTGGAGAAACTACTTTCCAATCTATTATGAAATGTGACCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCAAATGTTGTTCTCTCTGGTGGTACTACAATGTATCCTGGACTTGGTGAGAGAATGACTAAAGAGCTTACTTGCTTAGCTCCTTCTACTATGAAGATTAAAGTTGTTGCTCCCCCTGAGAGAAAGTATTCAGTATGGATTGGAGGATCCATATTGTCATCTTTATC [1003] Cryptosporidium_opossum_II TGGTTAAGGCCGGTGTGGCTGGGGATGATGCTCCGAGATGCGTTTTCCCATCAATTGTTGGCCGTCCGAAGATGCCGGGAGTGATGGTTGGTATGGATCAGAAGGACTGCTATGTAGGAGATGAGGCCCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTCTGAAGTACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAAATTTGGCATCATACTTTCTACAATGAACTTCGTGTTGCTCCGGAGGAACATCCGGTGTTGTTGACAGAGGCACCAATGAACCCAAAAGTTAATCGTGAAAGAATGACTCAGATAATGTTTGAGATATTTAATGTTCCGGCGATGTACGTCAACATTCAGGCAGTCCTTTCACTGTATGCTTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTGGATAGTGGTGATGGTGTATCGCACACCGTTCCAATCTACGAAGGTTATGCTCTTCCGCATGCCATCATGAGGTTGGACTTGGCTGGGCGTGACTTGACCGACTTCTTGATGAAGATTCTTCATGATCGTGGCTACAGCTTCACCACAACTGCAGAGAGAGAGATTGTGAGAGATATCAAGGAGAAGCTCTGCTACATTGCTTTGGACTACGAGGAAGAGATGAAGAAGTCTCAGGAGTCTTC---TGAGTTGGAGAAGACTTATGAATTACCTGATGGCCACGTAATTACTGTGGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCAGAAGCCCTGTTCCAACCAAATTTGCTGGGCAAGGAAGCTGTTGGCATTGGTGAGACTACCTTCCAGTCAATTATGAAGTGTGACCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCCAATATCGTTCTTTCCGGTGGTACTACAATGTATCCAGGAATTGGAGAAAGAATGACCAAGGAACTTACTTCTTTGGCTCCCTCGACCATGAAGATAAAGGTTGTTGCCCCGCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGAGGTTCGATCTTGTCTTCTTTGTC [1003] Cryptosporidium_opossum_I TGGTCAAGGCAGGCGTAGCAGGGGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCAATCGTTGGTCGCCCAAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATCTTGACTTTAAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAAAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACATCCAGTATTATTAACTGAAGCACCAATGAACCCAAAAGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATAATGTTTGAGACATTTAATGTACCTGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGACGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTAGCAGGTCGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAAATTCTCCATGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACTGCTGAGAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGTTACATTGCTTTGGATTATGAAGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACTTATGAGCTACCAGATGGTCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAGCCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACAACATTCCAATCCATTATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCTAATATTGTTTTATCTGGTGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGAGAGAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATTAAGGTTGTCGCTCCACCTGAACGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCTTTATC [1003] Cryptosporidium_skunk TGGTCAAGGCAGGTGTAGCAGGAGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTTCCATCAATTGTTGGTCGCCCAAAGATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAGAAGGATTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAGTCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATATCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAGGATATGGAAAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTGCGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCAGTATTATTAACTGAAGCACCAATGAACCCAAAAGTTAATCGTGAGAGAATGACTCAAATAATGTTTGAGACATTTAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTATCATTGTATGCTTCTGGACGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTGTCACATACTGTTCCAATTTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTAGCAGGACGTGATTTAACTGATTTTTTGATGAAAATTCTCCATGACCGTGGTTACAGCTTTACAACGACAGCTGAAAGAGAAATCGTAAGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGCTACATTGCTTTGGATTATGAAGAAGAAATGAAAAAATCTCAGGAATCTTC---TGAATTAGAAAAGACCTATGAATTACCAGATGGTCATGTAATTACCGTAGGCAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAAATCTTTTGGGTAAGGAAGCTGTTGGTATTGGAGAGACTACATTCCAATCAATCATGAAGTGCGACCTTGATATTCGCAAGGATCTTTATGCTAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACAATGTATCCAGGAATTGGAGAGAGAATGACAAAGGAACTTACTTCTTTGGCTCCGTCGACAATGAAGATTAAGGTTGTTGCTCCACCTGAACGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTATCTTCTTTACC [1003] Cryptosporidium_parvum_rabbit -------------------AGGTGATGACGCTCCAAGATGTGTTTTCCCATCGATCGTTGGTCGCCCGAAAATGCCAGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAGGACTGTTATGTTGGTGATGAAGCTCAATCAAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCAGTGTTATTGACCGAAGCACCAATGAACCCAAAGGTAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATCATGTTTGAAACATTCAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCTTATCATTGTATGCCTCTGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACTGTTCCAATCTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATCTAGCTGGACGTGATTTAACTGATTTCTTGATGAAGATTCTCCACGACCGTGGTTACAGCTTTACAACAACAGCCGAGAGAGAAATTGTAAGAGATATTAAGGAAAAGCTCTGCTACATTGCTTTAGATTACGAGGAAGAAATGAAGAAATCTCAAGAATCTTC---TGAATTAGAGAAGACATATGAACTACCAGATGGCCATGTAATTACTGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCTGAGGCTTTATTCCAACCAGGTCTTTTAGGTAAAGAAGCTGTCGGTATTGGTGAAACTACATTCCAATCCATCATGAAATGTGATCTTGATATCCGTAAAGACCTTTATGCCAATATTGTTTTATCTGGAGGTACAACGATGTATCCAGGTATTGGAGAAAGAATGACAAAAGAGCTCACTTCTTTGGCTCCATCAACAATGAAGATCAAGGTTGTTGCACCTCCTGAGCGTAAATACTCTGTATGGATTGGTGGTTCTATCTTATCTTCTTTATC [984] Cryptosporidium_deermouse TGGTTAAGGCTGGTGTGGCTGGAGATGATGCTCCAAGATGCGTTTTTCCATCAATTGTTGGCCGTCCGAAAATGCCGGGTGTTATGGTAGGTATGGACCAAAAAGACTGCTATGTTGGTGATGAAGCTCAGTCAAAAAGAGGTATTTTAACCTTGAAATATCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAACTGGGAAGATATGGAAAAGATCTGGCATCATACTTTCTATAATGAATTACGTGTTGCTCCAGAGGAACACCCGGTATTATTGACAGAAGCACCAATGAACCCAAAAGTTAATCGTGAGAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACATTTAATGTACCAGCAATGTATGTTAATATTCAGGCAGTCTTGTCATTGTATGCTTCTGGACGTACAACCGGTATTGTTTTGGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTACGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATTATGAGATTAGATTTAGCAGGACGTGATTTGACCGATTTCTTAATGAAGATTCTTCACGACCGTGGCTACAGTTTCACAACAACAGCAGAGAGGGAAATTGTAAGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGTTACATTGCTCTTGATTATGAGGAAGAAATGAAAAAATCTCAGGAATCTTC---TGAATTAGAAAAGACTTATGAATTGCCTGATGGTCATGTAATTACCGTAGGTAGTGAAAGATTCAGATGCCCAGAAGCTTTATTCCAACCAAATCTTTTGGGTAAAGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACAACATTCCAATCTATCATGAAGTGTGATCTTGATATCCGTAAGGATCTTTATGCTAATATTGTTTTATCTGGAGGCACGACAATGTATCCAGGTATTGGAGAGAGAATGACGAAGGAACTCACTTCTTTGGCTCCATCAACTATGAAGATTAAAGTTGTTGCTCCACCAGAACGTAAATACTCTGTGTGGATTGGTGGTTCTATCTTATCTTCCTTATC [1003] Cryptosporidium_canis_fox TGGTTAAGGCTGGTGTAGCTGGTGACGACGCTCCAAGATGCGTTTTCCCATCAATCGTTGGTCGTCCAAAGATGCCAGGAGTTATGGTTGGTATGGACCAGAAGGACTGCTATGTCGGTGATGAGGCTCAGTCCAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATCGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATTTGGCATCACACCTTCTATAATGAGTTGCGTGTTGCCCCAGAGGAACACCCAGTATTGTTGACAGAGGCTCCAATGAACCCAAAAGTTAACCGTGAAAGAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACGTGCCAGCCATGTATGTTAACATCCAGGCAGTCTTATCTCTGTACGCCTCCGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTGGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTATGAAGGTTATGCTCTTCCACATGCTATCATGAGATTGGACTTGGCTGGACGTGACTTGACTGACTTCTTGATGAAGATTCTCCATGACCGTGGCTACAGCTTCACAACAACAGCTGAGAGAGAAATCGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTGTGCTACATAGCTCTTGATTACGAGGAGGAGATGAAGAAGTCTCAGGAGTCTTC---GGAATTAGAAAAGACCTACGAGTTGCCAGACGGTCATGTGATTACTGTTGGTAGCGAGAGATTCAGATGTCCAGAGGCATTGTTCCAGCCAAATCTCTTGGGTAAGGAAGCCGTTGGTATTGGTGAGACTACTTTCCAGTCCATTATGAAGTGTGATCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCCAACATCGTATTGTCTGGTGGTACAACTATGTACCCAGGTATTGGTGAGAGAATGACAAAGGAACTCACTTCTTTGGCTCCATCTACCATGAAGATCAAGGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAATACTCCGTATGGATTGGTGGTTCCATCTTGTCTTCCCTGTC [1003] Cryptosporidium_canis_coyote TGGTTAAGGCTGGTGTAGCTGGTGATGACGCTCCAAGATGCGTTTTCCCATCAATCGTTGGTCGTCCAAAGATGCCAGGAGTTATGGTTGGTATGGACCAGAAGGACTGCTATGTCGGTGATGAGGCTCAGTCCAAGAGAGGTATTTTGACTTTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATCGTTACAAACTGGGAAGATATGGAGAAGATCTGGCATCACACCTTCTATAATGAGTTGCGTGTTGCCCCAGAGGAGCACCCAGTATTGTTGACAGAGGCTCCAATGAACCCAAAAGTTAACCGTGAGAGAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACGTGCCAGCCATGTATGTTAACATCCAGGCAGTCTTATCTCTGTACGCCTCCGGTCGTACAACTGGTATTGTTTTGGATAGTGGTGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTATGAGGGTTATGCTCTTCCACATGCCATCATGAGATTGGACTTGGCAGGACGTGACTTGACAGACTTTTTGATGAAGATTCTCCATGACCGTGGCTACAGCTTCACAACAACCGCTGAGAGAGAGATCGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTGTGCTACATCGCTCTTGATTACGAGGAGGAGATGAAGAAGTCTCAGGAGTCTTC---AGAATTAGAAAAGACCTACGAGCTGCCAGACGGTCATGTGATTACTGTTGGTAGCGAGAGATTCAGATGCCCAGAGGCTTTGTTCCAGCCAAATCTCTTGGGTAAGGAAGCCGTTGGTATTGGTGAGACTACTTTCCAATCCATTATGAAGTGCGATCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCCAACATCGTATTGTCTGGTGGTACAACTATGTACCCAGGTATTGGTGAGAGAATGACAAAGGAACTCACTTCTTTGGCTCCATCTACCATGAAGATCAAGGTTGTTGCTCCACCTGAGCGTAAATACTCCGTATGGATTGGTGGTTCTATCTTGTCTTCCCTATC [1003] Cryptosporidium_deer TGGTAAAGGCAGGTATAGCTGGTGACGATGCTCCTCGTTGTGTATTTCCATCAATAGTAGGTCGTCCAAAGATGCCGGGAGTTATGGTTGGTATGGATCAAAAGGATTGTTATGTAGGTGACGAGGCTCAATCGAAAAGGGGTATATTGACATTGAAATATCCAATTGAGCACGGTATTGTTACAAATTGGGAGGATATGGAGAAGATATGGCATCATACATTCTACAATGAATTGCGTGTTGCTCCTGAAGAGCACCCAGTTTTATTGACGGAAGCCCCAATGAATCCAAAGGTGAATCGTGAGAGAATGACACAAATTATGTTTGAAACATTTAACGTACCGGCAATGTATGTCAATATTCAGGCAGTTTTGTCTCTGTATGCTTCTGGTCGTACAACAGGTATTGTATTAGATAGTGGTGATGGTGTCTCACACACCGTTCCAATTTACGAAGGTTATGCTCTTCCTCATGCAATTATGAGATTAGACTTAGCAGGACGTGACTTGACTGATTTTCTTATGAAAATACTTCATGATCGTGGCTATAGTTTTACAACAACTGCTGAAAGAGAAATAGTAAGAGATATTAAGGAGAAACTTTGTTATATCGCCTTGGATTATGAAGAGGAAATGAAGAAATCTCAGGAATCTTC---AGAAATTGAGAAAACATACGAATTACCTGATGGACATGTAATTACTGTAGGAAGTGAGAGATTTAGATGTCCAGAAGCTTTATTCCAGCCAGGCTTATTAGGTAAAGAAGCTGTTGGTATTGGTGAGACTACTTTCCAATCTATTATGAAATGTGATCTCGATATTCGTAAGGATCTCTATGCAAACATTGTTTTATCTGGTGGTACAACAATGTATCCAGGTATTGGTGAAAGAATGACCAAGGAACTTACTTCATTGGCACCTTCTACAATGAAGATTAAGGTAGTTGCTCCACCTGAACGTAAATATTCCGTTTGGATTGGTGGTTCAATTTTATCCTCACTCTC [1003] Cryptosporidium_goose TGGTAAAGGCAGGTGTAGCAGGGGATGACGCTCCTAGATGTGTTTTTCCATCGATAGTAGGACGTCCAAAGATGCCAGGTGTAATGGTAGGAATGGACCAGAAGGATTGCTATGTAGGAGATGAAGCTCAGTCAAAGAGGGGTATTTTGACATTGAAATACCCAATTGAGCATGGTATTGTTACAAATTGGGAGGATATGGAGAAGATATGGCATCATACCTTTTACAATGAGTTACGTGTTGCACCAGAGGAGCATCCTGTATTGTTGACAGAGGCTCCAATGAACCCCAAGGTGAATCGTGAGAGAATGACTCAGATAATGTTTGAAACATTTAATGTGCCAGCAATGTATGTGAATATTCAGGCAGTTTTGTCATTGTATGCATCAGGTCGTACGACAGGTATTGTTTTGGATAGTGGAGATGGTGTTTCGCATACGGTTCCAATTTACGAGGGTTATGCTCTTCCACATGCCATAATGAGATTGGATTTGGCAGGTCGTGATTTGACAGACTTTTTGATGAAGATTCTCCACGATAGGGGTTACAGTTTTACGACAACAGCAGAGAGAGAGATAGTCCGAGATATTAAGGAGAAGCTCTGCTATATAGCTTTGGACTTCGAGGAGGAGATGAAGAAGTCTCAGGAGTCTTC---AGAGATTGAGAAGACATATGAATTGCCAGATGGTCATGTGATAACAGTTGGTAGTGAGAGATTTAGATGTCCAGAGGCATTGTTCCAGCCAAGTTTATTGGGCAAGGAAGCAGTTGGTATTGGAGAGACAACTTTCCAATCGATAATGAAGTGTGACCTTGATATTAGGAAGGATCTTTATGCGAATATTGTATTATCTGGAGGTACGACAATGTATCCAGGTATAGGTGAAAGGATGACCAAGGAGTTAACATCTCTCGCTCCTTCAACAATGAAGATAAAGGTTGTTGCTCCTCCAGAGCGTAAGTATTCAGTTTGGATCGGTGGTTCTATTTTGTCTTCATTATC [1003] Cryptosporidium_snake TGGTTAAGGCAGGAATAGCAGGAGATGATGCTCCACGTTGTGTTTTTCCCTCAATAGTAGGAAGACCGAAAATGCCGGGTATAATGGTTGGTATGGACCAAAAGGATTGTTATGTTGGTGATGAGGCACAATCAAAGAGAGGTATTTTAACTTTAAAGTATCCAATAGAACATGGTGTAGTTACTAATTGGGAGGATATGGAGAAAATTTGGCATCATACATTTTATAATGAGTTGCGTGTTGCTCCTGAAGAACATCCAGTTTTGTTAACAGAGGCCCCGTTAAATCCAAAAGTTAATCGTGAGAGAATGACCCAGATTATGTTTGAAACATTTAATGTTCCTGCAATGTATGTTAATATTCAGGCTGTTCTATCTTTGTATGCTTCGGGTCGTACGACTGGTATTGTTTTAGATAGTGGTGATGGCGTTTCTCATACAGTTCCGATCTACGAAGGTTATGCACTTCCACATGCTATTATGAGATTGGATTTGGCTGGTCGCGATTTAACTGATTTCTTGATGAAAATTTTCCATGATCGTGGGTACAGTTTTACAACAACCGCAGAAAGAGAAATTGTACGTGATATCAAAGAGAAGTTATGTTACATTGCTTTAGACTATGAGGAAGAGATGAAAAAGTCGCAAGAATCTTC---CGAACTTGAGAAGACGTATGAACTCCCTGATGGCCATGTAGTTACAGTTGGTAGCGAAAGATTCAGATGCCCAGAAGCATTATTCCAACCTAATTTTCTCGGAAAGGAAGCTGTTGGTATCGGGGAGACCACATTCCAATCCATTATGAAGTGCGATCTTGATATTCGTAAGGATTTGTATGCTAACATTGTTCTTTCTGGTGGAACTACAATGTATCCGGGTATTGGTGAGAGGATGACTAAGGAACTTACTTCATTGGCTCCTTCTACAATGAAAATTAAAGTTATTGCACCACCTGAACGTAAGTACTCTGTTTGGATTGGTGGCTCTATTTTGTCTTCTCTATC [1003] Cryptosporidium_tortoise -------------------TGGAGATGATGCTCCTCGTTGCGTATTTCCTTCAATTGTTGGTCGTCCAAGAATGCCAGGTATAATGGTAGGTATGGACCAGAAAGACTGCTATGTGGGTGATGAGGCACAATCTAAGAGGGGTATTTTAACCTTGAAATACCCAATTGAGCATGGAATTGTAACTAATTGGGAGGATATGGAGAAGATTTGGCATCATACCTTTTACAATGAATTGCGTGTTGCTCCCGAAGAACATCCAGTTTTGTTAACTGAAGCTCCAATGAACCCAAAGGCAAATCGTGAGAGAATGACACAAATTATGTTTGAAACTTTCAATGTGCCAGCTATGTATGTTAATATTCAGGCTGTCCTCTCTTTGTATGCATCTGGACGTACTACTGGTATTGTACTAGATAGTGGCGATGGTGTATCACACACTGTTCCAATTTATGAAGGATACGCCCTTCCTCATGCTATTATGAGACTAGATTTGGCTGGACGTGATTTGACTGATTTTTTGATGAAAATTCTCCATGATCGTGGCTATAGTTTCACTACAACTGCAGAAAGGGAAATTGTTCGTGATATCAAGGAAAAGCTGTGTTACATAGCTTTAGAGTATGAAGATGAATTAAAGAAAGCTCAAGAATCTTC---TGATATTGAAAAGACTTATGAGTTACCAGATGGTAATGTTATTACTGTAGGAAGTGAGAGATTTAGATGCCCAGAGGCTCTTTTCCAACCAAATCTCTTGGGTAAGGAAGCTGTTGGTATCGGTGAAACTACTTTCCAGTCTATTATGAAATGTGACCTTGATATTAGAAAAGACTTGTACGCAAATGTTGTGCTTTCCGGTGGTACTACAATGTATCCTGGAATTGGTGAGAGGATGACTAAGGAACTTACTTCACTAGCTCCATCAACAATGAAAATTAAGGTTGTCGCTCCACCTGAACGAAAGTATTCTGTATGGATTGGAGGATCTATCTTATCATCCTTATC [984] Cryptosporidium_lizard TGGTAAAAGCAGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCTCGTTGTGTTTTTCCATCAATTGTAGGGAGACCAAGAATGCCAGGTGTAATGGTTGGTATGGACCAAAAGAATTGTTATGTTGGTGATGAAGCACAGTCTAAAAGAGGTATTTTGACTTTAAAGTATCCAATTGAACATGGTATTGTAACAAATTGGGAAGATATGGAGAAAATATGGCACCATACATTCTACAATGAATTACGTGTAGCTCCTGAAGAACATCCAGTCTTATTAACAGAAGCTCCAATGAATCCAAAGGCAAATCGTGAAAGAATGACTCAAATTATGTTTGAAACCTTCAATGTACCTGCAATGTATGTAAACATACAAGCTGTCCTATCCTTGTATGCATCTGGACGTACTACTGGGATTGTACTTGATAGTGGTGATGGTGTATCACATACAGTTCCTATTTATGAGGGTTATGCTCTTCCTCATGCTATTATGAGATTAGATTTAGCTGGCCGTGATTTGACTGATCATCTGATGAAGATTTTGCATGATCGTGGTTACAGTTTTACAACAACTGCAGAGAGAGAAATAGTTAGAGATATTAAGGAAAAGTTATGTTACATTGCTTTAGAATATGAGGAAGAATTAAAAAAGGCTCAGGAATCTTC---TGAAATTGAGAAAACATATGAATTACCAGATGGTAATGTTATTACTGTAGGAAGCGAGAGATTTAGATGTCCAGAAGCACTTTTCCAACCAAATTTATTAGGTAAAGAAGCTTCTGGTGTTGGAGAAACTACTTTCCAGTCTATTATGAAGTGTGACCTTGATATCCGTAAGGATTTGTATGCAAATGTTGTTCTTTCTGGTGGTACTACAATGTATCCTGGACTTGGTGAAAGAATGACTAAAGAACTTACTTGCTTAGCTCCTTCTACAATGAAGATTAAAGTTGTTGCTCCTCCTGAAAGAAAGTATTCAGTATGGATTGGAGGATCCATATTGTCATCTTT--- [1000] ; END; BEGIN TREES; [This is the 50% majority-rule consensus tree from the 10000 trees sampled by the bayesian analysis. It contains information on the topology and branch lengths.] TREE con_50_majrule = (Toxoplasma_gondii:2.255189,Babesia_bovis:0.458666,(Plasmodium_falciparum_actin_I:0.179740,(Plasmodium_falciparum_actin_II:0.649693,((Cryptosporidium_snake:0.146591,(Cryptosporidium_baileyi:0.116247,Cryptosporidium_deer:0.111217,(Cryptosporidium_goose:0.166217,((Cryptosporidium_opossum_II:0.129877,((Cryptosporidium_skunk:0.038904,((Cryptosporidium_marsupial:0.003342,Cryptosporidium_opossum_I:0.003556):0.016922,(Cryptosporidium_wrairi:0.010075,((Cryptosporidium_parvum_mouse:0.005002,(Cryptosporidium_parvum_bovine:0.008010,(Cryptosporidium_parvum_human:0.001925,Cryptosporidium_parvum_monkey:0.001944,Cryptosporidium_parvum_rabbit:0.000985):0.007979):0.001798):0.007264,(Cryptosporidium_ferret:0.006891,Cryptosporidium_meleagridis:0.021326):0.004758):0.004873):0.024177):0.015824):0.024618,(Cryptosporidium_pig:0.074597,Cryptosporidium_deermouse:0.039397):0.017532):0.027914,(Cryptosporidium_bear:0.058357,(Cryptosporidium_canis_fox:0.012740,(Cryptosporidium_canis_dog:0.004627,Cryptosporidium_canis_coyote:0.001908):0.008785):0.064626):0.025051):0.032268,(Cryptosporidium_felis:0.184611,Cryptosporidium_saurophilum:0.062596):0.027367):0.025599):0.026409):0.032947):0.053205,(Cryptosporidium_tortoise:0.100405,(Cryptosporidium_andersoni:0.015343,(Cryptosporidium_muris:0.016177,(Cryptosporidium_serpentis:0.012625,Cryptosporidium_lizard:0.033110):0.026974):0.008828):0.097546):0.045099):0.097094):0.148891):0.355273); END; BEGIN mrbayes; [Specify the data partitions as character sets.] charset 1st_pos = 3-1005\3; [1st codon positions] charset 2nd_pos = 1-1006\3; [2nd codon positions] charset 3rd_pos = 2-1004\3; [3rd codon positions] charset 1st2nd_pos = 1 3 4 6 7 9 10 12 13 15 16 18 19 21 22 24 25 27 28 30 31 33 34 36 37 39 40 42 43 45 46 48 49 51 52 54 55 57 58 60 61 63 64 66 67 69 70 72 73 75 76 78 79 81 82 84 85 87 88 90 91 93 94 96 97 99 100 102 103 105 106 108 109 111 112 114 115 117 118 120 121 123 124 126 127 129 130 132 133 135 136 138 139 141 142 144 145 147 148 150 151 153 154 156 157 159 160 162 163 165 166 168 169 171 172 174 175 177 178 180 181 183 184 186 187 189 190 192 193 195 196 198 199 201 202 204 205 207 208 210 211 213 214 216 217 219 220 222 223 225 226 228 229 231 232 234 235 237 238 240 241 243 244 246 247 249 250 252 253 255 256 258 259 261 262 264 265 267 268 270 271 273 274 276 277 279 280 282 283 285 286 288 289 291 292 294 295 297 298 300 301 303 304 306 307 309 310 312 313 315 316 318 319 321 322 324 325 327 328 330 331 333 334 336 337 339 340 342 343 345 346 348 349 351 352 354 355 357 358 360 361 363 364 366 367 369 370 372 373 375 376 378 379 381 382 384 385 387 388 390 391 393 394 396 397 399 400 402 403 405 406 408 409 411 412 414 415 417 418 420 421 423 424 426 427 429 430 432 433 435 436 438 439 441 442 444 445 447 448 450 451 453 454 456 457 459 460 462 463 465 466 468 469 471 472 474 475 477 478 480 481 483 484 486 487 489 490 492 493 495 496 498 499 501 502 504 505 507 508 510 511 513 514 516 517 519 520 522 523 525 526 528 529 531 532 534 535 537 538 540 541 543 544 546 547 549 550 552 553 555 556 558 559 561 562 564 565 567 568 570 571 573 574 576 577 579 580 582 583 585 586 588 589 591 592 594 595 597 598 600 601 603 604 606 607 609 610 612 613 615 616 618 619 621 622 624 625 627 628 630 631 633 634 636 637 639 640 642 643 645 646 648 649 651 652 654 655 657 658 660 661 663 664 666 667 669 670 672 673 675 676 678 679 681 682 684 685 687 688 690 691 693 694 696 697 699 700 702 703 705 706 708 709 711 712 714 715 717 718 720 721 723 724 726 727 729 730 732 733 735 736 738 739 741 742 744 745 747 748 750 751 753 754 756 757 759 760 762 763 765 766 768 769 771 772 774 775 777 778 780 781 783 784 786 787 789 790 792 793 795 796 798 799 801 802 804 805 807 808 810 811 813 814 816 817 819 820 822 823 825 826 828 829 831 832 834 835 837 838 840 841 843 844 846 847 849 850 852 853 855 856 858 859 861 862 864 865 867 868 870 871 873 874 876 877 879 880 882 883 885 886 888 889 891 892 894 895 897 898 900 901 903 904 906 907 909 910 912 913 915 916 918 919 921 922 924 925 927 928 930 931 933 934 936 937 939 940 942 943 945 946 948 949 951 952 954 955 957 958 960 961 963 964 966 967 969 970 972 973 975 976 978 979 981 982 984 985 987 988 990 991 993 994 996 997 999 1000 1002 1003 1005 1006; [1st and 2nd codon positions] [Specify the data analysis.] partition codon = 3:1st_pos,2nd_pos,3rd_pos; partition my_codon = 2:1st2nd_pos,3rd_pos; set partition = codon; [ set partition = my_codon;] lset nst=6 rates=invgamma; unlink shape=(all) pinvar=(all) statefreq=(all) revmat=(all); prset ratepr=variable; mcmcp ngen=1010000 savebrlens=yes; END;