#NEXUS [Analysis of 22 Cryptosporidium (Protozoa; Apicomplexa) genotypes using Heat shock protein 70kD sequences. David A. Morrison (2006) Advances in Parasitology 63.] BEGIN TAXA; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS [Cryptosporidium genotype names follow Xiao et al. (2002) International Journal for Parasitology 32: 1773-1785.] Toxoplasma_gondii [AF045559,U82281,U85648] Babesia_bovis [AF107118] Plasmodium_falciparum [M19753] Cryptosporidium_meleagridis [AF221537] Cryptosporidium_opossum_II [AY120918] Cryptosporidium_parvum_mouse [AF221530] Cryptosporidium_canis_dog [AF221529] Cryptosporidium_pig [AF221533] Cryptosporidium_skunk [AY120917] Cryptosporidium_muris [AF221543] Cryptosporidium_parvum_human [AF221535] Cryptosporidium_bear [AF247536] Cryptosporidium_wrairi [AF221536] Cryptosporidium_serpentis [AF221541] Cryptosporidium_baileyi [AF221539] Cryptosporidium_ferret [AF221532] Cryptosporidium_marsupial [AF221531] Cryptosporidium_deermouse [AY120919] Cryptosporidium_saurophilum [AF221540] Cryptosporidium_andersoni [AF221542] Cryptosporidium_parvum_monkey [AF221534] Cryptosporidium_parvum_bovine [AF221528] Cryptosporidium_felis [AF221538] Cryptosporidium_canis_coyote [AY120920] Cryptosporidium_opossum_I [AY120916] ; END; BEGIN CHARACTERS; DIMENSIONS NCHAR=1880; FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? 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[1866] Babesia_bovis 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[1872] Plasmodium_falciparum 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[1878] Cryptosporidium_skunk 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[1878] Cryptosporidium_muris 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[1853] Cryptosporidium_saurophilum 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[1878] Cryptosporidium_andersoni -----------------------TGATCAGGGTAATAGAACAACCCCATCTTATGTTGCATTTACTGATTCCGAACGTTTAATTGGTGATGCAGCTAAGAATCAGGTTGCTCGTAACCCAGAAAATACTGTATTCGATGCTAAACGTTTAATTGGTAGGAAATTTGATGATCAAGCTGTTCAAAGTGACATGACACATTGGCCATTCAAGGTTGCTCGTGGTCCTAAAGATAAACCAATTATTAAAATTACCTACTTAGGTGAAACAAAGGAATTCCATGCTGAAGAAATTTCAGCTATGGTCTTACAAAAGATGAAGGAGATTTCTGAAGCTTACCTTGGTAAGACAGTTAAGAATGCTGTAGTTACAGTTCCTGCCTATTTCAATGATTCACAACGTCAAGCTACAAAGGATGCTGGTGCAATTGCTGGTTTGAACGTTATGCGTATTATTAATGAACCTACAGCTGCTGCTATAGCTTATGGTCTTGATAAGAAAGGTACTGGTGAAAGAAATGTCTTGATCTTCGATTTAGGTGGTGGTACATTTGATGTATCATTACTTACTATTGAAGATGGTATCTTCGAAGTAAAGGCAACAGCTGGTGATACACATCTTGGTGGTGAAGACTTTGATAATAGATTAGTTGAATTCTGTGTCCAAGATTTTAAGCGTAAGAATCGTGGTCTTGATTTAACTACTAATGCCCGTGCTTTGAGAAGATTAAGAACCCAGTGTGAACGTGCAAAGAGAACACTTTCTTCATCTACACAAGCAACAATCGAATTGGATTCTTTGTTCGAAGGTATTGACTACTTTGTATCTATAAGTCGTGCAAGATTTGAGGAACTTTGTTCTGATTATTTCCGTGGCACATTAGCTCCAGTAGAGAAGGTATTAAAAGATTCTGGAATGGATAAGAGGTCAGTACATGATGTTGTATTAGTAGGTGGTTCAACCCGTATTCCAAAGGTACAACAATTAATTCAAGAATTCTTTAATGGTAAGGAACCATGCAAGGCAATTAATCCAGATGAAGCTGTTGCTTATGGTGCTGCAGTTCAAGCAGCAATCTTAAATGGTGAACAGTCATCAGTAGTGCAAGATTTATTGTTATTGGATGTT-GCTCCACTATCTTTAGGTTTGGAAACAGCAGGTGGTGTTATGACAAAACTTATTGAACGTAATACTACCATTCCAGCAAAGAAAACTCAAGTATTCACAACATATGCTGATAACCAGAGTGGTGTACTTATTCAAGTATTTGAAGGTGAACGTGCAATGACAAAAGATAATCACTTACTAGGTAAATTCCATTTAGATGGTATTCCACCAGCTCCACGTGGTGTACCACAAATTGAAGTAACTTTTGATATTGATGCAAATGGCATTTTAAATGTATCAGCAGTTGACAAGAGTACCGGTAAGAGCAGCAAGATTACGATTACTAATGATAAAGGTCGTTTATCAAAGGAAGATATTGAACGTATGGTTAATGATGCTGAGAAATATAAAAATGAGGATGAACAGAATCGTGAAAAGATTGAAGCTAAGAATTCT-TTGGAAAATTACTTGTACAATATGAGGAATACTATTCAAGAGACTAAAGTAAAAGAAAAGTTATCTCAAAGTGAACTAGAACAAGCAGAGTCTAAAATTAAGGAGGTACTTGATTGGTTAGAGCGTAATCAAACTGCAGAGAAGGATGAATTTGAACACCAACAGAAGGAAATTGAAGCTTTAATGAATCCATTAATGATGAAGATTTATGCTGCTGATGGTGCT---GCAGGTGGTATGCCAGGTGGTATGCCAGGTGGTATGCCAGGAGGTATGCCAGGAGGTATGCCAGGAGGTATGCCAGGAGGTATGCCAGGT [1852] Cryptosporidium_parvum_monkey 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[1878] Cryptosporidium_parvum_bovine GATACTGTAGATATTGTTCCAAACGATCAAGGTAACCGTACAACACCATCATATGTAGCATTTACAGAAACTGAGCGTCTTATTGGTGATGCAGCAAAGAACCAAGTTGCTAGAAACCCAGAAAATACAGTTTTTGATGCTAAACGTCTTATTGGTAGAAAGTTTGATGATCAGGCAGTACAAAGTGATATGACTCACTGGCCATTTAAAGTAGTTAGAGGTCCAAAGGACAAGCCAATCATCAGTGTAAACTACTTAGGTGAAAAGAAGGAATTCCATGCTGAAGAAATTTCTGCTATGGTTTTACAAAAGATGAAGGAGATCTCTGAAGCATACTTGGGTCGCCAAATTAAGAACGCTGTAGTTACTGTTCCAGCTTATTTCAATGACTCACAGCGTCAAGCAACAAAGGATGCAGGTGCAATTGCTGGTTTGAATGTAATGAGAATCATTAACGAGCCAACTGCAGCTGCTATTGCTTATGGTCTTGATAAGAAAGGAACTGGCGAGAGAAATGTATTGATCTTCGATTTAGGTGGTGGTACTTTTGATGTATCATTATTAACTATTGAAGATGGTATTTTTGAAGTTAAAGCTACCGCTGGTGATACTCACTTGGGTGGTGAAGATTTTGATAACAGACTCGTAGAATTCTGTGTACAAGATTTCAAGAGAAAGAATAGAGGTATGGATTTAACCACAAATGCTAGAGCTTTAAGAAGACTCAGAACTCAATGCGAGCGTGCAAAGAGAACTTTGTCATCTTCTACTCAAGCTACAATTGAGTTAGATTCACTCTATGAAGGTATTGATTATTCAGTTGCCATCAGTAGAGCTAGATTCGAAGAACTCTGCGCTGATTACTTCCGTGCAACTTTAGCTCCAGTTGAGAAAGTACTCAAGGATGCTGGTATGGACAAGAGATCTGTACATGATGTTGTATTGGTTGGTGGTTCTACACGTATTCCAAAGGTTCAGGCCTTGATTCAGGAATTCTTTAACGGTAAAGAGCCATGCAAAGCAATCAATCCAGACGAAGCTGTTGCTTATGGTGCTGCTGTACAAGCTGCTATCTTAAATGGTGAGCAATCCTCTGCCGTACAGGATCTCTTATTATTGGATGTT-GCTCCATTATCACTCGGTTTAGAAACTGCTGGTGGTGTTATGACCAAGCTTATTGAACGTAATACAACTATCCCAGCAAAGAAGACACAAGTCTTCACTACTTATGCTGATAACCAGAGTGGTGTCTTGATCCAAGTTTATGAGGGTGAGAGAGCCATGACTAAGGATAACCATCTCCTCGGAAAGTTCCATCTTGATGGTATTCCACCAGCACCAAGAGGTGTACCACAAATTGAAGTCACCTTTGATATTGATGCTAATGGTATCTTGAATGTGTCTGCTGTTGATAAGAGTACTGGTAAGAGCAGCAAGATCACTATTACTAACGATAAGGGTAGATTATCAAAGGACGATATTGAACGTATGGTTAATGATGCTGAGAAATACAAGGGTGAGGATGAGCAGAACAGACTTAAGATTGAGGCTAAGAACTCT-TTGGAGAACTACCTCTATAACATGAGGAACACCATCCAAGAACCAAAGGTTAAGGAAAAGCTTTCTCAATCTGAAATTGATGAGGCTGAGAAGAAGATCAAGGATGCTCTTGACTGGCTCGAGCACAACCAAACTGCTGAAAAGGACGAGTTTGAACATCAACAAAAGGAGATTGAAACTCATATGAATCCACTCATGATGAAGATCTACTCTGCTGAGGGTGGTATGCCAGGTGGAATGCCAGGTGGTATGCCAGGCGGTATGCCAGGTGGAATGCCAGGTGGTATGCCAGGTGGAATGCCAGGCGGTATGCCAGGT [1878] Cryptosporidium_felis 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[1878] Cryptosporidium_canis_coyote 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[1878] Cryptosporidium_opossum_I 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[1878] ; END; BEGIN TREES; [This is the 50% majority-rule consensus tree from the 10000 trees sampled by the bayesian analysis. It contains information on the topology and branch lengths.] TREE con_50_majrule = (Toxoplasma_gondii:0.517381,Babesia_bovis:0.841483,(Plasmodium_falciparum:0.354446,((Cryptosporidium_serpentis:0.025603,(Cryptosporidium_muris:0.008971,Cryptosporidium_andersoni:0.010042):0.013579):0.093114,(Cryptosporidium_baileyi:0.058304,(Cryptosporidium_saurophilum:0.064732,(Cryptosporidium_pig:0.032004,(Cryptosporidium_deermouse:0.045990,((((Cryptosporidium_meleagridis:0.025176,Cryptosporidium_ferret:0.013983):0.006542,(Cryptosporidium_wrairi:0.008094,((Cryptosporidium_parvum_human:0.001038,Cryptosporidium_parvum_monkey:0.002676):0.008140,(Cryptosporidium_parvum_mouse:0.008525,Cryptosporidium_parvum_bovine:0.007823):0.001960):0.006619):0.001436):0.013263,(Cryptosporidium_marsupial:0.003935,Cryptosporidium_opossum_I:0.003567):0.021798):0.013087,(Cryptosporidium_skunk:0.036015,(Cryptosporidium_bear:0.049879,(Cryptosporidium_opossum_II:0.097707,(Cryptosporidium_felis:0.142330,(Cryptosporidium_canis_dog:0.003048,Cryptosporidium_canis_coyote:0.003085):0.084107):0.048400):0.039363):0.042905):0.015561):0.021948):0.012079):0.043036):0.073639):0.048868):0.236522):0.264883); END; BEGIN mrbayes; [Specify the data partitions as character sets.] charset 1st_pos = 1-1126\3 1127-1559\3 1563-1878\3; [1st codon positions] charset 2nd_pos = 2-1124\3 1128-1560\3 1564-1879\3; [2nd codon positions] charset 3rd_pos = 3-1125\3 1129-1561\3 1562-1880\3; [3rd codon positions] charset 1st2nd_pos = 1 2 4 5 7 8 10 11 13 14 16 17 19 20 22 23 25 26 28 29 31 32 34 35 37 38 40 41 43 44 46 47 49 50 52 53 55 56 58 59 61 62 64 65 67 68 70 71 73 74 76 77 79 80 82 83 85 86 88 89 91 92 94 95 97 98 100 101 103 104 106 107 109 110 112 113 115 116 118 119 121 122 124 125 127 128 130 131 133 134 136 137 139 140 142 143 145 146 148 149 151 152 154 155 157 158 160 161 163 164 166 167 169 170 172 173 175 176 178 179 181 182 184 185 187 188 190 191 193 194 196 197 199 200 202 203 205 206 208 209 211 212 214 215 217 218 220 221 223 224 226 227 229 230 232 233 235 236 238 239 241 242 244 245 247 248 250 251 253 254 256 257 259 260 262 263 265 266 268 269 271 272 274 275 277 278 280 281 283 284 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