#NEXUS [Analysis of 32 Cryptosporidium (Protozoa; Apicomplexa) genotypes using Small subunit rDNA sequences. David A. Morrison (2006) Advances in Parasitology 63.] BEGIN TAXA; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS [Cryptosporidium genotype names follow Xiao et al. (2002) International Journal for Parasitology 32: 1773-1785.] Toxoplasma_gondii [L24381,L37415,M97703,U03070,U00458,U12138,X68523,X75429,X75453] Babesia_bovis [L19077,L19078,L31922] Plasmodium_falciparum [M19172] Cryptosporidium_parvum_human [AF093489,AF108865] Cryptosporidium_parvum_monkey [AF112569] Cryptosporidium_parvum_rabbit [AY120901] Cryptosporidium_parvum_bovine [AF093490] Cryptosporidium_parvum_mouse [AF112571] Cryptosporidium_ferret [AF112572] Cryptosporidium_wrairi [AF115378] Cryptosporidium_meleagridis [AF112574] Cryptosporidium_marsupial [AF108860,AF112570] Cryptosporidium_opossum_I [AY120902] Cryptosporidium_skunk [AY120903] Cryptosporidium_muskrat [AY120904] Cryptosporidium_deermouse [AY120905] Cryptosporidium_opossum_II [AY120906] Cryptosporidium_fox [AY120907] Cryptosporidium_pig [AF108861,AF115377] Cryptosporidium_canis_fox [AY120908] Cryptosporidium_canis_coyote [AY120909] Cryptosporidium_canis_dog [AF112576] Cryptosporidium_bear [AF247535] Cryptosporidium_saurophilum [AF112573] Cryptosporidium_felis [AF108862] Cryptosporidium_deer [AY120910] Cryptosporidium_bovine_B [AY120911] Cryptosporidium_goose [AY120912] Cryptosporidium_baileyi [AF093495] Cryptosporidium_snake [AY120913] Cryptosporidium_tortoise [AY120914] Cryptosporidium_serpentis [AF093500,AF093501,AF093502] Cryptosporidium_lizard [AY120915] Cryptosporidium_andersoni [AF093496] Cryptosporidium_muris [AF093498] ; END; BEGIN CHARACTERS; DIMENSIONS NCHAR=907; FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=- ; MATRIX Toxoplasma_gondii ACCAACCCACCTTCCGGTGGTCCTCAGGTGATTCATAGTAACCGA--ACGGATCGCGTTGACTTCG--GTCTGCGACGGATCATTCAAGTTTCTGACCTATCAGCTTTCGACGGTACTGTAWTGGACTACCGTGGCAGTGACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATTCAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAACACTGGAAATT-TCA--TTTCTAGTGATTGGAATGATAGGAATCCAAACCCCTTTCAGAGTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGCT-GGAAGCAGCCAGTCCGCCCTCAGGGGTGTG---------CACTTGGTGAATTCTAGCATCCTTCTGGATTTCTCCACACTTCATTGTGTGGAGT---------------------------------TTTTTCCAGGACTTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTTCAA-GCAGGCTTGTC-------------GCCTTGAATACTGCAGCATGGAATAATAAGATAGGATTTCGGCCTATTTT---------GTTGGTT----TCTAG--GACTGAAGTAATGATTAATAGGGACGG-TTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTGTTAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTSCCAAAGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAA-CTATGCCGACTAGAGAT [826] Babesia_bovis 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ACCAATGAGC--------------TTGGTGATTCATAATAACTTT--ACGGATCGCAT---CTCTG----ATGCGACATATCATTCAAGTTTCTGACCTATCAGCTTTAGACGGTAGGGTATTGGCCTACCGTGGCTATGACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCCT-AAC---GGTCTTGTAATTGGAATGAGTGAAGTATAAACCCCTTTACGAGTATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGTTGTATAATCTATA-ATATTACTAAG----------------GTATATAT-TATATTATCAACATCCTTCCTATTATATTTCTAA---------------------------------------------ATATATAGGAAACTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGCTTAAA-GCAGGCAACT--------------GCCTTGAATACTCCAGCATGGAATAATAAGTAAGGACTTTTGTCTTTCTT---------ATTGGTT-----CTAG--GACAAAAGTAATGGTTAATAGGGACAG-TTGGGGGCATTCGTATTTAACAGCCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTGTTAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAA-CTATGCCGACTAGAGAT [784] ; END; BEGIN trees; [This is the 50% majority-rule consensus tree from the 10000 trees sampled by the bayesian analysis. It contains information on the topology and branch lengths.] TREE con_50_majrule = (Toxoplasma_gondii:0.494709,((Cryptosporidium_andersoni:0.004067,Cryptosporidium_muris:0.010737):0.023187,(Cryptosporidium_serpentis:0.003871,Cryptosporidium_lizard:0.014199,(Cryptosporidium_tortoise:0.027152,(Cryptosporidium_snake:0.031842,(Cryptosporidium_baileyi:0.027334,((Cryptosporidium_saurophilum:0.011433,Cryptosporidium_felis:0.073236,(Cryptosporidium_parvum_bovine:0.003512,Cryptosporidium_parvum_mouse:0.005530,Cryptosporidium_ferret:0.008813,Cryptosporidium_wrairi:0.010620,Cryptosporidium_meleagridis:0.006826,Cryptosporidium_pig:0.008322,(Cryptosporidium_parvum_rabbit:0.006567,(Cryptosporidium_parvum_human:0.002736,Cryptosporidium_parvum_monkey:0.002633):0.004753):0.008996,(Cryptosporidium_skunk:0.013290,(Cryptosporidium_marsupial:0.007999,Cryptosporidium_opossum_I:0.006719):0.023756):0.009179,(Cryptosporidium_fox:0.036720,((Cryptosporidium_bear:0.008410,(Cryptosporidium_canis_coyote:0.002766,(Cryptosporidium_canis_fox:0.006469,Cryptosporidium_canis_dog:0.002340):0.004537):0.021250):0.012764,(Cryptosporidium_muskrat:0.045527,Cryptosporidium_deermouse:0.062934,Cryptosporidium_opossum_II:0.059166):0.021621):0.012790):0.014356):0.022639):0.031836,(Cryptosporidium_goose:0.065543,(Cryptosporidium_deer:0.003541,Cryptosporidium_bovine_B:0.015028):0.020530):0.009320):0.021927):0.009056):0.090837):0.017560):0.018560):0.181177,(Babesia_bovis:0.878510,Plasmodium_falciparum:1.943821):0.193962); END; BEGIN mrbayes; [Specify the data partitions as character sets.] charset single = 4-6 12-15 21-26 30-32 35 42-52 60-65 67 68 70 71 77 78 86 91 92 96-98 103 107-110 119-123 126 127 137-143 148 157-160 165-167 175 183-190 198 200 203 204-206 208 211 212 213 220-225 232-234 239-243 248 259-266 279-286 296 300-311 318-321 325 326 329-334 342-348 357-365 370-372 395-400 404 406-415 420 421 426-430 435 444 451-458 463 466 467-476 479 480 483-485 494-496 504-506 515-566 574-577 586-590 599 604 605 611 614 615 617-634 639 642 643 644 647 652 663-665 680-688 693-703 705 706 708 715-720 730 733 734-739 749 757-759 761 765-770 777 780 781-784 793-796 800-803 807 808 813-817 824 834 835 840 841 849-855 860-868 873-876 884-894 902 903 906; [single-stranded positions] charset double = 1-3 7-11 16-20 27-29 33 34 36-41 53-59 66-72\3 73-76 79-85 87-90 93-95 99-102 104-106 111-118 124 125 128-136 144-147 149-156 161-164 168-174 176-182 191-197 199 201 202 207 209 210 214-219 226-231 235-238 244-247 249-258 267-278 287-295 297-299 312-317 322-324 327 328 335-341 349-356 366-369 373-394 401-403 405 416-419 422-425 431-434 436-443 445-450 459-462 464 465 477 478 481 482 486-493 497-503 507-514 567-573 578-585 591-598 600-603 606-610 612 613 616 635-638 640 641 645 646 648-651 653-662 666-679 689-692 704 707 709-714 721-729 731 732 740-748 750-756 760 762-764 771-776 778 779 785-792 797-799 804-806 809-812 818-823 825-833 836-839 842-848 856-859 869-872 877-883 895-901 904 905 907; [double-stranded (paired) positions] [Specify the data analysis.] partition helices = 2:single,double; set partition = helices; lset nst=6 rates=invgamma; unlink shape=(all) pinvar=(all) statefreq=(all) revmat=(all); prset ratepr=variable; mcmcp ngen=1010000 savebrlens=yes; END;